ロングホイールベース最新モデル。フルモデルチェンジで100系に!
本格的なSUVへと進化して80系を継ぐ形で1998年にデビュー。
100系ランクルが発売されて1年後、上級グレード「ランドクルーザーシグナス」を追加。

80系との一番の相違点はフロントの足回りであり、コイルスプリング + 3リンクのリジッドアクスル式サスペンションから、トーションバースプリング + ダブルウィッシュボーン式サスペンションの独立懸架に変更、操舵方式もボール循環式からラック&ピニオン式へと変化を遂げ、より操安性と快適性の向上が図られた。
これにより、前輪のホイールトラベルが大幅に減少し、オフロード(なかでも極端な不正地)での接地性が下がる懸念があったが、油圧によるハイトコントロール機能やトラクションコントロールが設定されており「ランクル」ブランドの名に恥じることのない走破性能を維持していた。

80系同様にワゴンとバンの仕様があり、グレードは下からVX、VXリミテッド、VXリミテッド Gセレクション、途中追加されたレクサスLX470の国内版のシグナス。

シグナスは4灯ヘッドライト、大径クロームメッキホイールという外観の違いがあり、エンジンは、ワゴンには当時の国産車ではセンチュリーを除き事実上量産車最大排気量となるV型8気筒DOHC4700ccの2UZ-FEを採用、バンは4.2リッターディーゼルターボを採用。ミッションは4速ATだが、バンのVXには5速MTも設定(2002年8月のマイナーチェンジを期に廃止)。

2002年8月、マイナーチェンジを実施。ATが5速化、エンジンの馬力向上、内外装が変更。

2002年10月、自動車NOx・PM法により、規制対象地域ではバンの購入が出来なくなった。 ディーゼルエンジンを積んだ、力強い走りのオフローダーのイメージは、100系になったランクルにはなくなっていく。

2005年、背面スペアタイヤが廃止、外観がスッキリするものの古い時代のランクルイメージも刷新されていく。しかし内装の豪華さ、V8エンジンの静粛性は発売後から好評で、海外でのランクル人気は非常に高く、北米のセレブたちにも受け入れられ、好評を得、高級車となった。 ただ、高価格と人気を反映して、日本ではランドクルーザー100だけを狙った窃盗団による窃盗の被害が多発した。

ランドクルーザー100系は、シグナスと共に最高級SUVの座を、揺るぎの無いものとして構築した車である。

[105型 ]
コルゲーテッドロードと呼ばれる洗濯板状の未舗装路を多く持つオーストラリアからの強い要望で、実績のない前輪独立懸架に対する「保険」の意味で、80系のコイル&リジッドのフロント足回りを100系に移植した「105型」と呼ばれるモデルが設定されている。

国連やオーストラリア向けとして輸出され、5速マニュアルトランスミッション、ガソリン、ディーゼル共に直列6気筒エンジンのみの設定、ディーゼルも自然吸気のみである。装備を充実させた「GXL」グレードも用意されていたが、多くは簡素な業務用モデルである。

オーストラリア向けは、70系トゥループキャリアー同様、予備の燃料タンクを持ち(合計180L)、インパネに追加燃料計とメインタンクへ汲み出すポンプ用スイッチを装備。

日本の愛好家のなかには、逆輸入を試みる者もいた。

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